Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) berdiri pada 01 tahun 2012 melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam, Nomor 2872 tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S.1) pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Sultan Qaimuddin Kendari tahun 2012. Program Studi PGMI berada di dalam lingkungan Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan. Prodi PGMI telah terakreditasi “Baik Sekali” oleh BAN-PT No. 1992/SK/BAN-PT/Akred/S/IV/2021 dan diperpanjang melalui Surat Keputusan LEMBAGA AKREDITASI MANDIRI KEPENDIDIKAN NOMOR: 506/SK/LAMDIK/Ak-P/S/IV/2026.