Menyesuaikan dengan perubahan STAIN Sultan Qaimuddin Kendari menjadi IAIN Kendari, Jurusan Tarbiyah mengalami perubahan Struktur Organisasi dan Tata Kelola, menjadi Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan (FATIK). Saat ini Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan IAIN Kendari di pimpin oleh Dekan, Wakil Dekan I, Wakil Dekan II, dan Wakil Dekan III. Setiap Program Studi dikelola oleh Ketua Program Studi dan Pengelola Prodi. Untuk Laboratorium, masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Laboratorium. Serta dalam pelaksanaan operasional administrasi, FATIK dikoordinir oleh seorang Kepala Bagian (Kabag), dan dua orang Kepala Sub Bagian (Kasubbag), yakni Kasubbag Akademik, Kemahasiswaan, dan Almuni (Kasubbag AKMA), dan Kasubbag Administrasi Umum, Keuangan, dan Kepegawaian (Kasubbag AUK). Secara Lengkap struktur organisasi Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan adalah sebagai berikut:
Dekan  : Dr. Hj. St. Kuraedah, M.Ag.
Wakil Dekan I  : Dra. Hj. Marlina, M.Pd.I
Wakil Dekan II  : Aliwar, S.Ag., M.Pd.
Wakil Dekan III  : Abbas, S.Ag., MA.
Kepala Bagian TU FATIK  : Amari, S.Ag., M.AP.
Kepala Sub Bagian AUK  : Ratnasari Baharuddin, SE.
Kepala Sub Bagiak AKMA  : Dra. St. Rukayyah
JFU  : Maulana Akbar
JFU  : Supriono K., S.Si.
Ketua Prodi PAI  : Dr. Masdin, M.Pd.
Ketua Prodi MPI  : Dr. Samrin, M.Pd.I.
Ketua Prodi PGMI  : St. Aisyah Mu’min, S.Ag., M.Pd.
Ketua Prodi PIAUD  : Erdiyanti, S.Ag., M.Pd.
Ketua Prodi PBA  : Wa Muna, S.Ag., M.Pd.I.
Ketua Prodi Tadris Bahasa Inggris  : Abdul Halim, S.Pd., M.TESOL.
Ketua Prodi Tadris Biologi  : Jumardin La Fua, S.Si., M.Si.
Ketua Prodi Tadris IPA  : Jumardin La Fua, S.Si., M.Si.
Ketua Prodi Tadris Matematika  : Ir. Hj. Ety Nur Inah, M.Si.
Ketua Prodi Tadris Fisika  : Ir. Hj. Ety Nur Inah, M.Si.